Церковь, получившая своё название в честь францисканского монаха XIII века Антония Падуанского, была спроектирована знаменитым церковным архитектором Патриком К. Кили, а её краеугольный камень был заложен в 1873 году.
Высокая церковь в стиле викторианской готики, расположенная на пересечении Манхэттен-авеню и Милтон-стрит, имеет 73-метровый шпиль и служит монастырём и домом для канцелярских работников, монахинь и священников. Когда-то в церкви Святого Антония была приходская школа, но в 2006 году её закрыли. В 1976 году приход Святого Антония объединился с соседним приходом Святого Альфонса.
На церкви Святого Антония установлены три вестминстерских колокола весом по три с половиной тонны, которые в 2011 году перестали звонить после непрерывной работы с 1895 года. Починка колоколов обойдётся в 20 000 долларов, хотя поговаривали об установке цифровой записи перезвона всего за 10 000 долларов. По состоянию на 2012 год, несмотря на некоторые усилия со стороны прихожан, церковь не собрала достаточно денег ни на то, ни на другое.