История этой церкви началась в 1928 году, когда приход Святого Таинства приобрел недвижимость в надежде построить новый храм. Однако средств, необходимых для реализации проекта, тогда собрать не удалось.
Во время Второй мировой войны участок был использован нацистским правительством для строительства бомбоубежища для населения Хандвайзере. Бункер построили так, чтобы он напоминал церковь, замаскировав его. После окончания войны под руководством священника и антифашиста Карла Клинкхаммера бункер стал полноценной церковью, для чего пришлось взорвать некоторые массивные потолки и стены толщиной более метра. В 1952 году была построена колокольня из бетона в тон строению, которое теперь принято называть «Бункерной церковью».
В декабре 2015 года храм был передан коптской общине. 12 мая 2019 года папа Тавадрос II освятил «Бункерскую церковь» как Коптскую православную церковь. Недавно ее интерьер был обновлен с использованием дерева.