Диафонизированная рыба из коллекции Калифорнийской академии наук
В задней части музея хранятся архивы и библиотека отделов полевых исследований Калифорнийской академии наук, собираемые со времени её основания в 1853 году. Здесь разместился отдел научных исследований, в котором по-прежнему ведётся активная работа.
Он состоит из нескольких действующих отделений, в том числе ботаники, энтомологии, зоологии беспозвоночных и геологии, зоологии позвоночных и антропологии. Здесь находится одна из крупнейших в мире герпетологических коллекций, а также исследовательская библиотека академии и исторические архивы.
На сегодняшний день в каталогах отделения герпетологии числится более 300 761 образцов.
В библиотеке, также основанной в 1853 году, хранятся книги по естественной истории и наукам. Ими могут пользоваться сотрудники академии, а по специальной договорённости — и другие исследователи.