Йени-Джами в Салониках была построена всего за десять лет до того, как город, будучи турецким портом, перешёл обратно Греции. «Новую мечеть» (так её название переводится с турецкого языка) построили для уникальной прослойки населения пестрой Османской империи - дёнме, публично мусульманских криптоевреев, чьи предки в XVII веке «обратились» в ислам вместе со своим мессией, чтобы избежать наказания султана.
В середине XVII века сефардский раввин из Смирны по имени Шабтай Цви утверждал, что является мессией, и за короткий период обрёл множество последователей среди евреев Османской империи. В 1666 году султан Мехмед IV, обеспокоенный нарастающей популярностью саббатианства, приказал арестовать его. Цви предоставили выбор: стать мусульманином или смертная казнь. Довольно прагматичный мессия принял ислам, и к нему присоединилось на удивление преданное ядро его последователей, которых стали называть дёнме, или «отступники».
Дёнме в Салониках были закрытой общиной, члены которой публично представлялись мусульманами, но в тайне следовали некоторым из еврейских обычаев и вероучений. Их сторонились как другие евреи, называвшие их отступниками, так и мусульмане, не считавшие их достаточно религиозными. Однако дёнме удалось стать в Салониках мощной этнической группой в экономическом и политическом плане.
Когда в 1902 году они решили построить мечеть для своей общины, то выбрали архитектором Виталиано Поселли, сицилийца, обучавшегося в Стамбуле, который к тому времени построил множество как общественных, так и религиозных зданий для различных конфессий. «Новая мечеть» была построена в эклектическом стиле, который отражает влияние различных культур не только на архитектора, но и на общину дёнме и на Османскую империю в целом.
К сожалению, Йени-Джами использовалась по назначению совсем недолго. После греко-турецкой войны 1919-1922 годов и подписания Лозаннского мирного договора дёнме вместе с другими мусульманами, жившими в Греции, были «обменены» на христиан из Турции (т. е. по условиям договора, Греция и Турция заключили соглашение о принудительном обмене религиозными беженцами). Минарет мечети, как и большинство минаретов в Салониках, был впоследствии разрушен. В 1924 году на её территории были размещены христианские беженцы из Малой Азии, после чего Йени-Джами переоборудовали под археологический музей. В настоящее время «Новая мечеть» представляет собой культурный и выставочный центр, в котором, среди прочего, представлена коллекция мраморных скульптур римской и раннехристианской эпох.