Миссия Сан-Хосе была основана в 1720 году братом Антонио Маргиль-де-Хесусом. На тот период в ней проживало более 300 человек, и поскольку она считалась крупнейшей в Техасе, её часто называли «Королевой миссий». Испанские миссии представляли собой целые поселения, в основе которых была церковь.
Жители миссии Сан-Хосе завершили строительство комплекса в 1782 году, а уже в 1824 году миссия прекратила свою деятельность. В ней было обращено в христианство более 2000 индейцев.
Сегодня церковь миссии Сан-Хосе по-прежнему функционирует. По воскресеньям здесь проводятся открытые мессы. Комплекс находится в ведении Службы национальных парков и настолько хорошо сохранился, что посетители могут своими глазами увидеть детально, как выглядели миссии более 250 лет назад.
Хотя церковь была не единственной функцией миссии, она была её центром, а среди наиболее примечательных особенностей сооружений комплекса можно выделить резьбу по дереву и знаменитое окно-розу, которое считается одним из лучших образцов испанского колониального орнамента в стране.
Среди других интересных деталей древнего комплекса — лестница на церковную колокольню и хоры: каждая из двадцати пяти ступеней была вырезана вручную из дуба, а сама лестница построена без единого гвоздя. На территории также находится зернохранилище с аркбутанами, мельница, восстановленные оборонительные стены и жилые помещения.
В 1941 году миссия Сан-Хосе была объявлена историческим памятником штата, а также Национальным историческим памятником. Здесь находится старейшая мельница в штате Техас.