Самый первый фармацевт в городе Секешфехервар появился на этом самом месте в 1688 году после освобождения Венгрии от Османской империи. За последующие десятилетия и века аптека «Чёрный орёл» множество раз переходила из рук в руки, но при каждом новом владельце коллекции только расширялись и становились всё более ценными.
«Чёрный орёл» — старейшая аптека Секешфехервара, некогда важнейшего города Венгрии и места королевской резиденции. Она функционировала на протяжении почти 300 лет. В декабре 1745 года, когда умерла вдова последнего хозяина аптеки, новые владельцы, иезуиты, купили её за 1200 форинтов. В 1746 году аптекарь Якаб Мешнер, говоривший на венгерском, словенском и немецком языках, назвал аптеку «Чёрным орлом» и украсил её в стиле барокко.
Заведение принадлежало иезуитам, пока не было продано на аукционе в 1774 году. С тех пор и до закрытия в 1971 году аптека передавалась между друзьями и семьями. Это интересное место унаследовало части истории от каждого из своих многочисленных владельцев, и эти части в виде экспонатов выставлены сегодня в музее.
После закрытия старое здание отреставрировали, отремонтировали интерьер, отполировали дерево и выставили флаконы с актуальными в прошлые века лекарствами. Спустя два года музей открылся для публики.