Сегодняшний собор Святого Стефана был построен в 1682 году на месте первоначального здания, которое сгорело дотла в 1662 году вместе с первым органом.
Как и любой другой гигантский орган, орган в соборе Святого Стефана формировался постепенно на протяжении веков. Современная версия инструмента состоит из пяти отдельных органов различных тональностей. Вместе они включают в себя 17 774 трубы, 223 регистра и четыре колокола. Каждая часть инструмента была построена отдельно, обладает своим собственным уникальным звучанием, и на ней можно играть отдельно.
Центральным элементом убранства собора является главный орган, самый большой из пяти, построенный в 1733 году Йозефом Маттиасом Гётцем. Крошечный эховерк в сводчатой части среднего нефа церкви более сдержан в своем очаровании, компенсируя свои скромные размеры тем, что издаёт звук через хайлихгайстлох (или дыру Святого Духа) в потолке.
Одинокая общая консоль, расположенная на западных хорах, объединяет эти разрозненные музыкальные инструменты в единый орган, не похожий ни на один другой в Европе. С этого места исполнитель может играть на всех пяти органах по отдельности или как на одном гигантском «Франкен-органе», создавая какофонию звука с помощью электрической трактуры и программируемых настроек. С математической точки зрения, комбинировать диапазоны и тембры этого инструмента можно практически бесконечно.
Хотя в 1990-х годах статус крупнейшего церковного органа в мире перешёл органу Первой конгрегационалистской церкви в Лос-Анджелесе, когда речь заходит о музыкальном величии, объединённом в пространстве и времени, орган собора Святого Стефана остаётся непревзойдённым примером.